畜牧兽医学院实行党政共同负责制度，学院领导班子架构包括院长、党总支书记、党总支副书记、教学副院长、科研副院长。学院党总支下辖有动物医学系支部、动物科学系支部、学生支部、科技开发处支部、计划财务处支部、审计处党支部、国有资产管理处党支部；学院行政下设综合学院办公室、团学办公室、动物医学系、动物科学系、实验实训中心和督导办公室。